Program madrasah diniyah di SMPIQu Al-Bahjah Al-Maunah ini bertujuan untuk memperkuat dasar-dasar keislaman siswa melalui pembelajaran yang terstruktur dan mendalam di berbagai bidang ilmu agama.

Dalam bidang Aqidah, siswa mempelajari Aqidah 50, Sam'iyyat, dan Hadits Jibril untuk memperkuat pemahaman mereka tentang keimanan yang benar. Sementara itu, pada materi Manhajiah, siswa diajarkan kurikulum berjenjang khas Al-Bahjah, mulai dari Manhajiah Santri Al-Bahjah bagian 1-29. Ini membantu siswa memahami prinsip hidup Islami secara menyeluruh.

Pembelajaran Fiqih mencakup praktik toharoh (bersuci), sholat, jamaah, hingga fiqih wanita, agar siswa mampu mengamalkan syariat dalam kehidupan sehari-hari. Pada aspek Akhlak, diberikan Silsilah Dars Akhlak dan kajian majelis rutin bersama Buya Yahya, guna membentuk karakter dan adab mulia.

Bahasa Arab juga menjadi perhatian utama, melalui pengajaran Asma' dan Af'al, kitab Al-Mu'inul Mubin, dan praktik Muhawarah (percakapan). Untuk mendukung pemahaman teks berbahasa Arab, siswa juga mempelajari Nahwu dan Shorof dengan kitab Al-Miftah jilid 1-4 dan praktik membaca kitab gundul (tanpa harakat).

Ilmu keislaman lainnya seperti Sirah (sejarah Islam) melalui kitab Khulasoh Nurul Yaqin jilid 1-3 dan Imla' (tata tulis Arab) juga menjadi bagian dari pembelajaran, termasuk pengantar ilmu imla' yang dirancang oleh tim Dalwa. Keseluruhan program ini membentuk siswa yang tidak hanya cerdas secara akademik, tetapi juga kokoh secara spiritual dan berakhlak Qur'ani.