Program intensif bahasa SMPIQu Al-Bahjah Al-Maunah dirancang untuk mendukung penguasaan bahasa asing, khususnya Bahasa Inggris dan Bahasa Arab. Program ini dilaksanakan secara bertahap dan sistematis.

Untuk Bahasa Inggris, para santri di tahun pertama akan mengikuti program intensif selama dua hingga tiga bulan. Program ini bertujuan untuk membangun fondasi kemampuan berbahasa Inggris. Pada tahun kedua, fokus berpindah ke tahap pemantapan agar kemampuan siswa makin berkembang. Selama program berlangsung, dilakukan penerapan sistem English Area, pengaturan pembagian waktu, dan kontrol kegiatan secara harian untuk membiasakan siswa menggunakan Bahasa Inggris dalam aktivitas sehari-hari.

Sementara itu, untuk Bahasa Arab, pembelajaran dilakukan sejak tahun ke-1. Proses belajar mencakup pembiasaan penggunaan Bahasa Arab baik secara lisan maupun tulisan, serta penguatan melalui program harian yang berkelanjutan. Sama seperti Bahasa Inggris, sistem Bilingual Area juga diterapkan untuk Bahasa Arab, diiringi dengan kontrol dan pemantauan harian.